内设机构14个：办公室、组织人事科、财务管理科、政策法规科、行政服务科（注册登记科）、企业监管科、市场规范监管科（网络商品交易监管科）、质量监管科、标准计量科、食品安全综合协调科（应急管理科）、食品安全监管科（餐饮服务监管科）、药品医疗器械安全监管科（保健食品化妆品安全监管科）、特种设备安全监管科、消费者权益保护科（投诉举报科）。