根据市交通运输局主要职责，市交通运输局设5个内设机构

　　（一）办公室

　　负责本系统的政治思想工作和精神文明建设、党建工作及所属党的基层组织和党员的管理工作；负责局属单位的领导班子建设和领导干部管理等工作；负责综合协调机关日常工作；负责机关政务运行和有关管理制度的起草并组织实施；负责局机关文字综合工作；负责以局名义下发文件的审核、制发工作；负责重要会议的组织和会务工作；负责文书档案、公共关系、提案和议案办复、信访、保密工作；负责办公自动化工作；负责机关公共事务和行政后勤管理工作；负责局机关及所属单位的机构编制干部人事、工资、奖惩、培训和专业技术职务评聘管理等工作；负责离退休干部管理工作；负责局及所属单位的目标管理工作。

　　（二）财务审计科

　　负责局机关财务管理工作；负责局机关及所属单位的财务和固定资产管理规章制度建设；负责专项资金和局属单位的财务审计和监督工作；负责局机关国有资产管理工作，指导局属单位财务和国有资产管理工作；参与审查重要经济合同；协调参与全市交通基础建设资金的融资工作；负责全市交通运输行业统计与预测工作；负责国有交通运输基础设施建设资金的使用管理以及国有资产的监督管理工作。

　　（三）行业管理科（交通战备办公室）

　　负责全市交通运输发展战略、政策及行业管理的调研工作；负责交通运输体制改革相关工作；组织编制综合运输体系规划，承担有关协调工作；参与拟订物流业发展战略和规划，提出有关政策和标准；负责全市交通战备及局人武部的日常工作；负责拟订全市道路、水路运输的行业发展规划、政策和管理标准；负责全市交通运输的组织和结构调整；指导运输技术装备建设，协调指导城乡各种运输方式衔接；负责重点物资、紧急客货运输和节假日旅客运输的组织协调工作；负责城市客运管理（含城市公交、出租汽车等）相关工作；指导和协调全市交通运输行业管理；组织开展交通运输行业环境保护和节能减排工作；按规定承担物流市场有关管理工作；负责组织实施交通运输行业技术标准和规范；组织技术开发和科技成果推广，推动行业科技进步；负责全市交通运输信息化建设，监测分析运行情况；负责拟订全市道路、水路安全生产政策和应急预案，并组织实施；负责安全生产和应急处置体系建设；承担有关道路、水路运输行业安全生产监督管理工作；负责协调、指导和监督水上交通安全管理工作；负责突发事件应急处置和依法组织或参与有关事故调查处理工作。

　　（四）工程科

　　组织编制全市交通行业发展中长期规划和年度计划，并组织实施；负责全市重点交通运输基础设施建设项目的前期管理工作；参与综合运输枢纽规划工作；负责全市交通运输基础设施建设的综合协调和建设项目的初步设计、外业勘测成果验收、施工图审查、变更设计及预算的监督管理工作；负责全市交通建设项目招投标工作；负责交通重点工程的质量管理和竣工验收工作；组织查处交通运输基础设施重大质量事故；负责编制全市农村公路建设年度计划，并组织实施；负责协调指导全市农村公路建设、养护和管理工作；监督检查全市农村公路建设和养护工程质量等工作。

　　（五）行政服务科

　　贯彻执行《行政许可法》，负责系统进驻市行政服务中心有关行政许可事项的相关工作，组织、协调、指导本系统的行政许可工作，管理本系统派驻市行政服务中心的工作人员。负责交通运输行政执法监督检查工作；负责行政复议和应诉工作。

　　按有关规定设置纪委（监察室）、工会、团委、妇委会。