市环境保护局内设5个职能科(室)。

　　(一)办公室

　　协助局领导组织协调机关工作；拟定局机关年度工作计划、工作总结、综合性报告及各项规章制度并督促实施；负责机关文电处理、会议组织、档案管理、车辆管理、保密、保卫、安全、政务信息、环保建议和提案办理、后勤服务等工作。

　　负责局机关及下属事业单位的机构编制、人事管理、劳动工资、职称评定等管理工作；组织全市环境保护行政表彰；指导全市环保系统行政管理体制改革和队伍建设；负责局机关和下属单位出国人员的政审和局机关老干部服务管理工作；负责本系统干部职工培训和继续教育工作。

　　负责全局的财务工作，归口指导、管理全市排污费收支计划及财务报表。

　　承担市环委会办公室的秘书工作和日常事务工作。

　　(二)综合计划科

　　编制市环境保护中、长期规划和年度计划；编制全市污染物排放总量控制计划和跨世纪绿色工程规划并组织实施和考核；参与编制市可持续发展纲要、经济和社会发展规划、国土开发整治规划、区域经济开发规划、环保基础设施建设和环境污染综合治理项目计划；参与审核城市总体规划中的环境保护内容；承办国家、省补助我市环境保护系统的项目审核工作。

　　管理全市环境监测工作，组织实施环境监测标准、现代化建设、计量认证和质量管理；组织对有关企业环境监测机构(实验室)的资质认证工作；负责“三同时”项目、限期治理项目、排污收费等的监测管理工作；组织参与重大环境污染事故及生态破坏事件的监测；管理环境监测网；组织编制全市环境状况公报和环境质量报告。

　　草拟和组织实施大气、水体、噪声、固体废物、有毒化学品以及机动车的污染防治行政措施；组织实施全市环境综合整治定量考核、排污申报登记、排污许可证、污染总量控制、污染源限期治理、危险废物经营许可、行政代执行等环境管理制度；配合有关部门实施污染集中控制；淘汰污染严重的落后工艺和设备；组织编制环境功能区划；组织拟定并监督实施国家、省、市重点流域、重点区域污染防治规划；参与可用作原料的废物进出口的审批和管理；组织创建国家环境保护模范城市和城市环境综合整治工作。

　　承担全市辐射环境、放射性废物管理工作；对电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治工作实行统一监督管理。

　　(三)环境管理科

　　组织实施建设项目环境管理的法规和政策，草拟全市建设项目环境管理行政措施；负责全市建设项目环境管理工作；负责全市限额内建设项目环境影响报告书(表)及“三同时”审批、验收工作；参与审批限额以上建设项目和区域开发项目环境影响报告书；

　　组织草拟和监督实施自然生态保护行政措施：组组拟定生物多样性保护计划；组织编制全市自然保护区发展规划；监督管理全市自然保护区；监督自然资源开发活动中的环境保护；指导和监督矿区复垦、生态破坏恢复整治、湿地环境保护；管理生物技术环境安全；负责农村生态环境保护；指导全市生态示范区建设和生态农业建设。

　　编制环境保护科学技术发展规划、计划；组织环保科研及环境实用技术的推广；组织推行清洁生产，负责环境管理体系和环境标准的有关工作，指导和推动环境保护产业发展；负责环保科技信息工作。负责管理本市环境保护国际合作和交流活动；管理环境保护系统技术引进和对外经济合作；承担涉外环境污染处理工作和涉外环境保护事务；监督履行环境保护国际公约、条约。 

　　负责全市环境信息、统计工作，编制和审核环境统计报表，负责市环境信息的管理与发布。

　　 (四)宣教法制科

　　组织草拟地方性环境保护行政措施、实施细则(办法)等规范性文件；组织全市重大环境问题研究；组织推行环保目标责任制；组织环境保护行政处罚、行政复议和应诉工作；规范、监督依法行政工作；组织开展对各部门、各单位贯彻执行国家环境保护法律法规的执法检查。会同有关科室落实政务公开，负责行政执法责任制、企业环境行为信息公开化及环境违法行为有奖举报实施奖励的审核等工作。

　　组织拟定全市环境宣传教育规划、计划，负责管理全市环境宣传教育工作；组织社会各界广泛开展环境保护宣传活动；负责本市重大环保新闻的发布，协调环境新闻报道和各部门、单位环境保护宣传工作，推动公众和非政府组织参与环境保护；会同有关部门落实、开展环境教育和培训工作；负责机关人员环保业务知识学习计划的制订、落实和日常管理工作；负责环境保护宣传教育表彰的参评、推选工作。

　　 (五)环境监理科

　　组织全市环境监理工作，负责拟定全市环境监理工作规划及有关制度；组织对建设项目执行“三同时”制度、限期治理项目进行现场监督检查；组织调处与环境污染有关的来信、来访，调查并参与处理环境污染事故、生态破坏事件；协调综合性环境污染损害赔偿；组织对污染源排污情况实施监督检查，对环境违法行为进行调查，并依法予以处理；组织监理大队对排污单位执行排污申报登记和排污许可证制度情况进行现场核查。

    会同有关部门做好跨流域水环境保护工作，监督管理和有效保护全市饮用水源。